Die IT Infrastruktur der Biobank Innsbruck
31. Mai 2016, 11:30
Seminarraum des Lehrstuhls für Medizinische Informatik
Philipp Hofer
Dept. für Medizinische Statistik, Informatik und Gesundheitsökonomie
Medizinische Universität Innsbruck (Östterreich)
| Eines der Hauptziele von BBMRI-ERIC ist die Integration und Harmonisierung bestehender Biobanken in eine europaweite Forschungsinfrastruktur. Zur Erhebung existierender Probensammlungen in Österreich wurde im Rahmen des österreichischen BBMRI.at Projekts ein elektronischer Biobank-Katalog auf Basis des MIABIS – Datenmodells implementiert. |
| Derzeit existieren an der Medizinischen Universität Innsbruck (MUI) mehrere Probenstandorte sowie heterogene Informationssysteme zur Probenverwaltung. Für die Erstellung einer grundlegenden Übersicht der an den verschiedenen klinischen Departments existierenden Probensammlungen wurden diese in einem klinikweiten Biobankenregister in aggregierter Form abgebildet. Erfasste Probensammlungen im MUI Biobankregister werden als MIABIS-Minimaldatensätze über eine automatisierte Schnittstelle in den BBMRI.at Katalog exportiert. |
| Derzeitige Herausforderungen bei der Einführung eines klinikweiten Biobank-Informationssystems auf Probenebene an der MUI liegen in der Evaluierung und Auswahl einer geeigneten Software sowie der Integration relevanter Biobankdaten aus unterschiedlichen Informationssystemen an den verschiedenen klinischen Departments. |
| Freitextfelder und unstrukturierte Daten erschweren eine Integration und Vergleichbarkeit klinischer und probenbezogener Daten zwischen heterogenen Informationssystemen. Eine Verknüpfung benutzergenerierter Daten mit vorhandenen medizinischen Ontologien und Nomenklaturen ermöglichen die maschinelle Lesbarkeit und semantische Integration bestehender Ressourcen. Eine semi-automatisierte Annotation bestehender Standardterminologien in Freitextfeldern könnte mithilfe eines Empfehlungssystems erfolgen, welches dem Benutzer bereits zum Zeitpunkt der Dateneingabe relevante Konzepte vorschlägt. |